
Magnis-Suseno datang ke Indonesia pada tahun 1961 pada usia 25 tahun untuk belajar filsafat dan teologi di Yogyakarta. Tiba di Indonesia, dia langsung mempelajari bahasa Jawa untuk membantunya berkomunikasi dengan warga setempat. Setelah ditahbiskan menjadi Pastor, ia ditugaskan untuk belajar filsafat di Jerman sampai memperoleh gelar doktor di bidang filsafat dengan disertasi mengenai Karl Marx.
Sebelum menjadi warganegara Indonesia pada tahun 1977, Magnis-Suseno adalah seorang warga Jerman yang bernama Franz Graf von Magnis. Saat berganti kewarganegaraan, dia menambahkan \'Suseno\' di belakang namanya.
Tulisan-tulisannya telah dipublikasikan dalam bentuk buku dan artikel. Buku \"Etika Jawa\" dituliskan setelah ia menjalani sabbatical year di Paroki Hati Kudus Yesus di Sukoharjo Jawa Tengah. Buku lain yang sangat berpengaruh adalah \"Etika politik\" yang menjadi acuan pokok bagi mahasiswa filsafat dan ilmu politik di Indonesia. Magnis dikenal kalangan ilmiah sebagai seorang cendekiawan yang cerdas dan bersahabat dengan semua orang tanpa pandang bulu. Banyak kandidat doktor yang merasa dibantu dalam menyelesaikan disertasinya.
Franz Magnis mendapat gelar doktor kehormatan di bidang teologi dari Universitas Luzern, Swiss.
Franz Magnis Suseno dianugerahi Bintang Mahaputra Utama pada 13 Agustus 2015 (berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 83/TK/TaHUN 2015 tanggal 7 Agustus 2015) oleh Pemerintah RI atas jasa-jasa dia di bidang kebudayaan dan filsafat.