Saat kembali ke Jepang, Ista tidak dapat menemukan ayahnya. Ternyata ayahnya telah lama menghilang dan menjadi buronan karena dituduh membunuh. Ista yang tidak percaya akan tuduhan tersebut, berusaha menemukan ayahnya sekaligus mencari bukti kalau ayahnya tidak bersalah.
Pada saat bersamaan, Shinta juga berada di Jepang untuk mengadakan transaksi bisnis dengan Yakuza. Bisnis yang tidak biasa karena sangat rahasia dan berbahaya. Kecelakaan di lab milik Yakuza membuat tujuan Shinta yang sebenarnya terungkap, sehingga membawanya dalam kesulitan yang lebih besar, yang tidak hanya melibatkan Yakuza, tapi juga militer Jepang.
Saat Shinta dan Ista bertemu, keduanya sadar kalau mereka mempunyai masalah yang sama. Pihak-pihak yang ingin kembali membuat prajurit genoid untuk kepentingannya dan bisa mengancam keamanan dunia. Perjalanan panjang kedua kakak beradik itu membawa mereka pada sebuah petualangan besar yang bisa mengungkapkan asal usul genoid yang sebenarnya.
