
Ketika teman-temannya berkiprah di arena politik, dia memilih memusatkan pemikirannya pada proses-proses pendidikan dan mulai menggumuli rasionalisme Islam, dan aktif di Lembaga Penelitian, Pendidikan, dan Pengembangan Ekonomi dan Sosial (LP3ES). Ia juga sempat terlibat mengembangkan kelompok pendidikan nonformal di Pusat Pelatihan Pendidikan Masyarakat, Jayagiri, Lembang. Dia bekerja bersama dua aktivis dari Volunteers in Asia (VIA), yakni Russ Dilts dan Craig Thorburn. Bekerja sama dengan Direktorat Pendidikan Luar Sekolah Depdikbud, kelompok itu turut mengembangkan metodologi pelatihan partisipatif. Di Cirebon, dia juga sempat menularkan pengetahuannya kepada para pengurus Gabungan Koperasi Batik Indonesia (GKBI) pada 1983.
Bersama kawan-kawannya ia mendirikan Institute for Social Transformation (Insist) pada 1997 di Yogyakarta. Sebelumnya, pada 1994, dia terlibat mendirikan Resource Management & Development Consultants di Jakarta. Terakhir, Mansour tercatat sebagai anggota Komnas HAM. Sebelumnya, dia terpilih sebagai anggota "Helsinki Process", suatu forum internasional yang diprakarsai Kementerian Luar Negeri Finlandia, beberapa negara Selatan, dan LSM internasional. Di samping itu, ia juga pernah menjabat sebagai Country Representative OXFAM-GB di Indonesia. Juga keaktifan lain sebagai fasilitator penelitian, pengarah penelitian di ReaD, redaktur jurnal Wacana, menyunting dan menulis buku terbitan Insist press dan Pustaka Pelajar Yogyakarta.
Mansour Fakih wafat di RS Bethesda Yogyakarta pukul 23.55 pada Minggu 2004, setelah sebelumnya dirawat intensif 10 hari.